Фамилия Пыжкова — это женская форма фамилии Пыжков, и обе они образованы по самой массовой русской модели: от прозвища или нецерковного имени с помощью суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Пыжков буквально означал «сын Пыжка» или «человек из семьи Пыжка». Основа здесь — слово «пыж».

В русских говорах у «пыжа» несколько значений. Самое распространённое и прямое — это человек маленького роста, плотный и коренастый, как ёрш или надутый мешочек. В некоторых регионах «пыжом» называли упрямца или заносчивого человека, который «пыжится», то есть важничает, надувается от гордости. Есть и промысловое значение: пыж — это войлочная или картонная прокладка в ружейном патроне, которая забивается порох. В этом случае прозвище мог получить оружейник, охотник или человек, связанный с изготовлением боеприпасов.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «пыж» в значении «сноп» или «пучок» — тогда прозвище могло относиться к крестьянину, занятому уборкой урожая. Однако основная версия всё-таки антропонимическая: прозвище Пыжок давали по внешности или характеру.

Фамилия Пыжков встречается по всей России, но заметно чаще в центральных и северных областях — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях, где слово «пыж» в значении «коротышка» было в ходу. Интересно, что в писцовых книгах XVI–XVII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Пыж: например, в 1627 году в Кашире записан «Пыжко Иванов, крестьянин». Это один из ранних фиксаций корня.

В написании фамилии нередко путают с фамилией Пышкин (от «пышка» — пышка, булка), но у них разная этимология: Пыжков никогда не был связан с выпечкой. В современном русском языке фамилия звучит твёрдо и не вызывает двусмысленных ассоциаций, хотя исторически её носители могли быть людьми невысокого роста или с крутым нравом.