Фамилия Рафаэльянц — редкий пример того, как восточное имя обрастает сразу двумя «экспортными» суффиксами. В основе лежит древнееврейское имя Рафаэль («Бог исцелил»), популярное у христиан, мусульман и иудеев Ближнего Востока и Закавказья. Но само слово «Рафаэль» фамилию не создало: её построили по армянской модели с патронимическим суффиксом -янц (или -ян), который означает «из рода такого-то» или «потомок». То есть Рафаэльянц — это «потомок Рафаэля».

Уникальность фамилии — в двойном суффиксе. В армянской среде обычна форма Рафаэлян (с одним -ян). Вариант Рафаэльянц встречается реже и чаще всего у армян, которые долго жили в Российской империи или среди носителей русского языка. Дело в том, что русское ухо лучше различает окончание -янц как фамильное, а -ян иногда путали с отчеством. Поэтому в документах XIX века, особенно на Кубани, в Ростовской области и в городах юга России, армянские фамилии нередко записывали с конечным -ц, чтобы подчеркнуть их родовой характер: Арутюнянц, Мкртычянц.

Корень у фамилии интернациональный, поэтому не стоит искать в ней следы конкретного ремесла или прозвища. Рафаэльянцы — это потомки человека по имени Рафаэль, и ничего больше. Социально фамилия не привязана к дворянству или духовенству: её могли носить и ремесленники, и купцы, и крестьяне из армянских колоний Крыма, Нахичевани-на-Дону или Астрахани.

В русском языке фамилия склоняется как существительное второго склонения: Рафаэльянца, Рафаэльянцу, о Рафаэльянце. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Рафаэлья́нц, хотя в армянском оригинале возможен вариант с ударением на «э». Встречаются искажённые написания — Рафаильянц, Рафаэлянц, но исходная форма с «э» и «ц» считается нормативной.