Фамилия Рафаэлов — яркий пример фамилии, образованной от библейского личного имени. В основе лежит имя Рафаэль (от древнееврейского רפאל — «исцелил Бог»), которое в христианской и иудейской традиции носит один из архангелов. Фамилия относится к распространённому типу русских фамилий на -ов, указывающему на принадлежность: «чей сын?» — Рафаэлов, то есть потомок человека по имени Рафаэль.

Интересно, что фамилия Рафаэлов — не массовая, а скорее редкая для исконно русского ареала. В России и на постсоветском пространстве она чаще встречается у народов Кавказа и Закавказья, где имя Рафаэль (в формах Рафаэл, Рафаил) было популярно среди армян, грузин, а также у горских евреев. У армян, например, распространены фамилии Рафаэлян, Рафаэлов — это русифицированный вариант той же модели, возникший в период включения Закавказья в состав Российской империи, когда армянские фамилии нередко получали русское окончание -ов.

В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, модель на -ов здесь стандартна: имя Рафаэл (без мягкого знака) даёт основу Рафаэл- и суффикс -ов. Написание через «э» (а не «е») — признак книжного, церковного происхождения имени, где сохраняется точная передача звучания. В бытовой, народной речи имя чаще превращалось в Рафаил, отсюда и фамилия Рафаилов — она встречается чаще, но Рафаэлов точнее отражает исходную форму.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или крестьянству: носителями могли быть как городские мещане, так и священнослужители (в среде духовенства библейские имена были обычны). В дореволюционных метрических книгах Рафаэловы встречаются среди армянского купечества, а также у еврейских ремесленников в черте оседлости. После революции фамилия могла быть изменена или русифицирована, поэтому современное число носителей невелико.

Коротко: фамилия Рафаэлов — это «сын Рафаэля», с чёткой библейской основой и отчётливым региональным оттенком, указывающим на кавказские или южнорусские корни.