Фамилия Рафаел — одна из тех, где происхождение лежит на поверхности, но не в русской, а в библейской традиции. В основе — личное имя Рафаил, которое в переводе с древнееврейского означает «Бог исцелил» или «исцеление Божье». В христианской и иудейской культуре это имя одного из архангелов, что придавало ему особый вес. Однако фамилию Рафаел в России могли получить не напрямую от библейского персонажа, а через крестильное имя, которое изредка давали в семьях священников или в среде, близкой к греческой и южнославянской традиции.

Модель образования здесь нетипична для русских фамилий. В русском языке фамилии от имени Рафаил обычно оформлялись суффиксами: Рафаилов, Рафаильский, Рафаилович. Форма без суффикса — Рафаел — указывает на то, что носитель, скорее всего, не из великорусских губерний. Это либо иноэтничная фамилия, либо её принесли в Россию выходцы из Закавказья, где имя Рафаел (или Рафаэл) широко распространено у армян и грузин. В армянской ономастике фамилии на -ян (Рафаелян) встречаются часто, но вариант без окончания — Рафаел — мог закрепиться при русификации или записи в метрических книгах.

Географически фамилия встречается редко, но почти всегда привязана к южным регионам бывшей Российской империи — Краснодарский край, Ростовская область, Ставрополье, а также в среде армянской диаспоры. Встречается она и у ассирийцев, для которых имя Рафаэл — одно из традиционных. В этом случае фамилия могла сохраниться в исходной форме без изменений.

С точки зрения словообразования, это чистая основа, без суффикса принадлежности. Такие фамилии в русской среде — редкость, их часто называют «окаменевшими» формами имени. Если предок носителя был священнослужителем, то фамилия могла возникнуть в семинарской среде: ученикам давали «благозвучные» фамилии по именам архангелов, но обычно с суффиксом -ов. Бессуффиксный вариант Рафаел — скорее исключение, чем правило, и говорит о том, что фамилия не проходила через стандартную русскую канцелярию.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) форма Рафаел не упоминается как типично русская. Это дополнительный аргумент в пользу её иноязычного корня. Носителям фамилии стоит искать свои корни не в центральной России, а в южных и кавказских регионах, где смешение культур давало такие необычные для русского уха фамилии.