Фамилия Рафаенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой на Левобережной и Степной Украине. Суффикс -енко исторически означал «маленький», «сын» или «ученик», то есть изначально Рафаенко — это «сын Рафая» или «потомок человека по имени или прозвищу Рафай».

Основа фамилии восходит к личному имени Рафай — краткой, народной форме канонического имени Рафаил. В переводе с древнееврейского Рафаил означает «Бог исцелил» или «целитель Божий». На Руси и в Украине это имя знали благодаря архангелу Рафаилу, одному из семи архангелов, почитаемому в православии как целитель и покровитель врачей. Усечение имени до формы Рафай — типичный для восточнославянской традиции приём: так образовывались разговорные варианты церковных имён (Михай, Данай, Гаврий).

Фамилия Рафаенко практически не встречается в центральных великорусских областях — её ареал сосредоточен в основном в Черниговской, Полтавской, Сумской и Харьковской губерниях. Это подтверждает украинское происхождение: в России фамилии на -енко приживались редко, чаще их заменяли на -ов/-ев. В современных украинских переписях Рафаенко фиксируется как редкая, но устойчивая фамилия, не перешедшая в другие формы.

Интересная деталь: в отличие от фамилий, образованных от полных церковных имён (Рафаилов, Рафаильский), Рафаенко сохранила живую простонародную основу. Это указывает, что предок носителя фамилии был не священником или книжником, а рядовым крестьянином или казаком, которого в быту звали Рафай. Никакой дополнительной социальной нагрузки — только указание на отчество, застывшее в фамилии.

В написании фамилии возможны варианты: Рафаенко, Рафаенко́ (с ударением на последний слог, что свойственно юго-восточным говорам) и реже — Рафаенков (русифицированная форма). Встречаются также однокоренные фамилии: Рафаилов, Рафаильский, Рафальский, но Рафаенко стоит особняком благодаря своему суффиксу, который чётко маркирует украинскую ономастическую традицию.