Фамилия Рафаенков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Рафаенков послужило церковное имя Рафаил. Фамилия Рафаенко восходит к библейскому имени Рафаил, которое образовано от еврейского «rafa» — «врач, целитель» и в переводе на русский язык означает «Господь исцеляет» или «Господь исцелил». Архангел Рафаил в христианстве и иудаизме является могущественным целителем — как людей, так и животных. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Рафаил, со временем получил фамилию Рафаенков. О точном месте и времени возникновения фамилии Рафаенков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Рафаенков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.