Фамилия Рафеенкова — яркий пример того, как суффикс может рассказать о происхождении больше, чем корень. Она образована с помощью суффикса -енков, который в русской ономастике указывает на украинское или западнорусское (белорусское, смоленское, брянское) происхождение. В отличие от великорусского -ов/-ев, модель на -енко и её производные (Рафеенко → Рафеенков) была распространена на землях, входивших в Речь Посполитую, и попала в русскую фамильную систему через переселенцев или при записи в ревизские сказки. Таким образом, Рафеенкова — это «женская» форма от исходной фамилии Рафеенко, где суффикс -к(а) обозначает принадлежность к роду: дочь или жена человека по фамилии Рафеенко.

Основа фамилии — личное имя Рафей (Рафий), которое является просторечной формой церковного имени Рафаил. В православной традиции так называли в честь архангела Рафаила, чьё имя с древнееврейского переводится как «Бог исцелил» или «целитель Божий». В народной среде имя нередко упрощалось: Рафаил превращался в Рафея, а затем и в Рафей. Добавление суффикса -енко образовывало отчество-прозвище: Рафеенко — «сын Рафея». Значит, первый носитель фамилии был потомком человека по имени Рафей, что типично для патронимических фамилий, возникших в XVII–XVIII веках в среде казачества и крестьянства южнорусских и украинских земель.

По сословной принадлежности предки Рафеенковых, вероятнее всего, были из крестьян или однодворцев. Фамилии на -енко редко встречались у дворянства, которое предпочитало модели на -ский или -ов. Географически фамилия тяготеет к Курской, Орловской, Воронежской губерниям, а также к современной Белгородской области — регионам, где смешивались русские и украинские антропонимические традиции. Встречается она и на Дону, куда переселялись малороссийские казаки.

Любопытная деталь: в старых документах фамилию могли записывать как Рафеенко, Рафиенков или даже Рафеинков. Вариант с -ова закрепился в официальных метриках как «женская» форма, но в быту сами носители чаще называли себя Рафеенко, что сохранилось у некоторых ветвей рода до сих пор.