Фамилия Рафеенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от имени Рафи. Фамилия Рафеенко ведет свое начало от мусульманского мужского имени Рафи, которое в переводе с арабского языка означает «друг, товарищ, спутник», «добросердечный». Вполне вероятно, что родители, нарекая своего ребенка таким именем, желали ему стать милосердным, внимательным человеком. Поэтому Рафеенко буквально понималось как «сын Рафи».