Фамилия Рафеева — женская форма, которая ставит перед исследователем вопрос: перед нами вариант мужской фамилии Рафеев или Рафеев? Ударение и написание в паспорте часто подсказывают ответ. Если в основе лежит Рафеев, то фамилия образована от имени или прозвища Рафей. Это имя могло быть производной формой от канонического Рафаил (древнееврейское «Бог исцелил») — в просторечии Рафаила нередко сокращали до Рафей, Рафа, Раф. Такой путь типичен: церковное имя давало десятки обиходных вариантов, которые затем становились фамилиями.

Менее вероятный, но возможный сценарий — связь с тюркским корнем «раф» или «рафик» (друг, товарищ). В татарской и башкирской среде встречается имя Рафик, от которого через отчество могла возникнуть фамилия Рафиков, а при адаптации на русской почве — упрощённый вариант Рафеев. Однако для фамилии Рафеева (с ударением на второй слог) более типично именно славянское бытование: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — сын Рафея).

Географически фамилия редкая, встречается в центральных областях России и Поволжье. В архивных записях XVII–XVIII веков фамилий на -еев было много у крестьян и посадских людей — они часто образовывались от уменьшительных имён. Если предок носил имя Рафей, то его дети автоматически становились Рафеевыми. Таким образом, носительница фамилии Рафеева может вести род от человека по имени Рафей, которое, в свою очередь, восходит к библейскому Рафаилу.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает прояснить картину. Рафаилов — прямая форма от полного имени, Рафин — от краткой основы Рафа, а Рафеев — как раз от промежуточного варианта Рафей. Эта цепочка показывает, как церковное имя «обкатывалось» в народной речи, теряя слоги, и в итоге закреплялось в фамилии. Для современных носителей это означает, что их предки, скорее всего, были православными, а фамилия образовалась в среде, где имя Рафаил было распространено, но в быту его сокращали до короткого и удобного Рафей.