Фамилия Рафекова звучит как женская форма от мужской фамилии Рафеков. Мужской вариант принадлежит к распространённой модели на -ов, а значит, в основе лежит имя или прозвище, оканчивающееся на согласный. В данном случае корень «Рафек-» — это, скорее всего, искажённая или диалектная форма арабского имени Рафик (араб. رفيق — «друг», «товарищ», «спутник»). В тюркских языках, особенно у татар и башкир, имя Рафик через народную этимологию могло превратиться в Рафек: замена «и» на «е» типична для некоторых говоров, где гласные редуцируются или смешиваются.

Фамилия Рафеков (и Рафекова) распространена преимущественно в среде поволжских татар и башкир. Исходное имя Рафик входит в число мусульманских имён, популярных у этих народов. Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, которая в XIX–XX веках вытеснила исконные тюркские окончания (например, -улы, -кызы) при записи в метрики и паспорта. Так что предки носительницы фамилии, скорее всего, были татарами или башкирами, получившими фамилию по имени отца: «сын (или дочь) Рафека».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с греческим именем Рафаил (библейский архангел). В тюркской среде имя Рафаил иногда сокращается до Рафек, но это редкий случай. Основной путь — от Рафика через фонетическое изменение. Если искать географическую привязку, то чаще всего фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане и соседних областях, где компактно живут татары.

Интересная деталь: написание через «е» (Рафеков, а не Рафиков) — это не ошибка, а маркер локального произношения. В некоторых татарских говорах звук «и» в безударной позиции звучит ближе к «э» или «е», что и закрепилось при записи фамилии чиновниками. Таким образом, фамилия Рафекова — живое свидетельство того, как арабское имя адаптировалось в тюркской среде, а затем получило русское оформление, сохранив местный говор.