Фамилия Рафеков — редкая и с неочевидной корневой основой. Она не входит в число распространённых русских фамилий, и её происхождение можно объяснить несколькими версиями, каждая из которых опирается на разные языковые традиции.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В этом случае основа «Рафек» восходит к арабскому имени Рафик (رفيق), что означает «друг», «товарищ», «спутник». В тюркских языках (татарском, башкирском, азербайджанском) имя Рафик — одно из популярных, а суффикс «-ов» — обычный способ русификации фамилий в среде крещёных татар или народов Поволжья. Таким образом, Рафеков — это «сын Рафика», где имя со временем изменило звучание (Рафик → Рафек) под влиянием местных говоров или при записи в метрических книгах.

Менее вероятна, но возможна связь с персидским корнем «раф» (رفتن — идти, уходить). В этом случае прозвище Рафек могли дать человеку, который много путешествовал, был странником или проводником. Однако в русской ономастике такая модель встречается редко, и вряд ли фамилия образовалась напрямую от глагола без посредничества имени.

С географической точки зрения фамилия Рафеков тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением — Татарстан, Башкортостан, а также к Оренбургской и Челябинской областям. В центральной России она почти не встречается. Сословно носители фамилии могли быть как крестьянами, так и мещанами, но из-за редкости фамилии проследить единую социальную группу сложно.

Интересная деталь: написание через «е» (Рафеков, а не Рафиков) — это не ошибка, а диалектная или документальная фиксация. В тюркских языках редуцированный звук «и» в безударной позиции мог произноситься ближе к «е», и при записи фамилии чиновник записывал на слух. Поэтому в одних семьях могли писать Рафиков, в других — Рафеков, хотя корень один.