Фамилия Рафейкова — редкий случай, когда женская форма встречается в словарях наравне с мужской, потому что исходное прозвище или имя практически не сохранилось в документах. Словообразовательная модель прозрачна: основа Рафейк- плюс суффикс -ов, который в женском варианте превращается в -ова. Но вот что скрывается за основой — вопрос открытый.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с каноническим именем Рафаил (от древнееврейского «Бог исцелил»). В народной русской традиции это имя давало целый ряд уменьшительных форм: Рафей, Рафейка, Рафейко. Суффикс -ейк- типичен для ласкательных прозвищ в северных и центральных говорах. Если предка звали Рафейка, то его потомки естественным образом получали фамилию Рафейковы. Мужская форма Рафейков действительно фиксируется в переписных книгах XVII века, хотя и очень редко.

Есть и другая гипотеза, менее убедительная: что в основе лежит не имя, а прозвище от диалектного глагола «рафейкать» — болтать, пустословить. Но такие глаголы встречаются в основном в южнорусских говорах, а сама фамилия географически тяготеет к северо-западу (Псковская, Новгородская, Тверская губернии). К тому же суффикс -ейк- для прозвищ от глаголов нетипичен — скорее бы ожидалось Рафейников или Рафеев.

В XIX веке фамилия Рафейкова встречалась преимущественно среди крестьян и мещан, причём почти исключительно в одной локации — в окрестностях Торжка. Это позволяет предположить, что все носители восходят к одному роду, который в какой-то момент закрепился на этой территории. Церковные метрики конца XVIII века упоминают в Торжке крестьянина Рафейкова, но без уточнения имени — видимо, фамилия уже тогда была наследственной.

С точки зрения социального контекста, фамилия интересна тем, что образована от полной уменьшительной формы имени, а не от крестильного имени в его церковном варианте. Это говорит о том, что предок был человеком незнатным — дворянские фамилии чаще брали основу от полного имени (Рафаилов, Рафаилович). А Рафейковы — это, скорее всего, потомки того самого Рафейки, которого в быту звали ласково, а в официальных бумагах записывали «Рафейка сын Иванов». Со временем прозвище закрепилось как фамилия и перешло в женскую форму без изменений.