Фамилия Рабеева — женская форма, а её мужской вариант — Рабеев. В основе фамилии лежит личное имя или прозвище Рабей, которое, скорее всего, является производной формой от канонического имени Раввула (в просторечии Равул). В русской народной традиции имена нередко усекали и добавляли к ним уменьшительные суффиксы: Равул → Рав → Рабей (с заменой «в» на «б» в результате ассимиляции или под влиянием южнославянских говоров). Имя Раввула имеет арамейское происхождение и переводится как «господин», «учитель» — в христианской традиции это имя носил один из семидесяти апостолов.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским словом «рабей» (производное от «раб» — «господин»), которое могло попасть в русские говоры через контакты с татарами или башкирами. Однако в таком случае фамилия была бы более распространена в Поволжье и Приуралье, тогда как Рабеевы чаще встречаются в центральных областях России.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Рабеев буквально значит «сын Рабея». В русской антропонимии фамилии на -ев образовывались от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или на «й», что как раз соответствует форме Рабей.

Социально предки носителей фамилии могли быть крестьянами или посадскими людьми — фамилия не содержит признаков дворянского происхождения (отсутствие форманта -ский) и не относится к семинарским (искусственным) фамилиям. Прозвище Рабей, от которого она произошла, скорее всего, не имело уничижительного оттенка «раб», а было обычным для своего времени сокращением церковного имени.