Фамилия Рафейченко — характерный пример украинской или белорусской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках активно использовался в Поднепровье, на Слобожанщине и в южных регионах Речи Посполитой для обозначения потомка или человека, связанного с отцом: Рафейченко буквально означает «сын Рафея» или «потомок Рафея». Сама основа Рафей — это народная, разговорная форма церковного имени Рафаил.

Имя Рафаил (древнееврейское «Бог исцелил» или «целитель Божий») пришло в православные святцы из Ветхого Завета, где архангел Рафаил считается одним из семи главных ангелов. В быту имя часто сокращали и переделывали: в украинской среде оно звучало как Рафайло, Рафей, а в польской — как Rafał, откуда могла появиться форма Рафей. Таким образом, предок носителя фамилии, скорее всего, носил имя Рафей, которое в документах и устной речи закрепилось за его детьми.

Географически фамилия тяготеет к центральной и восточной Украине, а также к югу Беларуси. Встречаемость относительно невысокая, что говорит о локальном происхождении: возможно, родоначальник был крестьянином или казаком из конкретного села, где имя Рафей было нечастым. В писцовых книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков подобные фамилии редко фиксировались у дворян — суффикс -енко типичен для казачьего и крестьянского сословия.

Интересная деталь: написание фамилии могло колебаться. В старых метрических книгах встречаются варианты Рафеенко, Рафайченко и даже Рафаильченко — последний ближе к церковному канону, но в быту закрепился именно упрощённый вариант. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Рафаилов, Рафалович, Рафальский), то Рафейченко стоит в ряду «сыновних» форм, характерных для восточнославянского простонародья. Сословный статус предков, вероятнее всего, был крестьянским или казачьим, без привязки к знатному роду.