Фамилия Рафоенко — пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XIX веках была характерна для Поднепровья, Слобожанщины и юга России. Суффикс -енко в украинской ономастике — это уменьшительно-патронимический формант: он обозначал «сын такого-то» или «потомок». То есть Рафоенко — буквально «сын Рафоя» или «потомок Рафоя».

Основа фамилии — имя Рафой. Это не церковное каноническое имя, а скорее народная форма от крестильного имени Рафаил (др.-евр. «Бог исцелил»). В украинской и белорусской среде такие усеченные формы встречались часто: Рафой, Рафка, Рафко. Имя Рафаил пришло через греческую традицию, но в простонародье его адаптировали, отбрасывая суффиксы и меняя окончание под местный говор. Соответственно, фамилия Рафоенко — патроним от прозвищной или обиходной формы этого имени.

Встречается фамилия в основном на территории Украины и в южных регионах России, куда мигрировали украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Варианты написания — Рафаенко, Рафайченко — встречаются реже, но указывают на ту же основу. Интересно, что в некоторых говорах имя Рафой могло закрепиться как самостоятельное прозвище, не связанное с Рафаилом, а, например, с диалектным «рафа» — так в некоторых областях называли нерасторопного или рассеянного человека. Но это предположение менее вероятно: церковная традиция именования была сильна, и большинство украинских фамилий на -енко восходят именно к крестильным именам.

Таким образом, предок Рафоенко — человек по имени или прозвищу Рафой, скорее всего, крестьянин или казак, живший на территории современной центральной или восточной Украины. Фамилия не относится к дворянским или священническим — это народная, патронимическая модель, распространенная среди простого сословия.