Библейское имя Рафаил образовано от еврейского слова «rafa» — «врач, целитель» и на русский язык переводится как «Господь исцеляет» или «Господь исцелил». В основе фамилии Рафаенкова лежит производная форма этого имени - Рафа. Архангел Рафаил в христианстве и иудаизме является могущественным целителем — как людей, так и животных. Считается, что Рафаила можно призвать. Рафаил придёт туда, куда его приглашают, но он не может вмешаться, если на то не будет доброй воли человека. Скорее всего, основатель рода Рафаенковых был человеком из простого сословия. Со временем, вероятно, род Рафаенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ова. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Рафа, со временем получил фамилию Рафаенкова.