Фамилия Рафаенков происходит от канонического имени Рафаил, что в переводе с древнееврейского означает «Господь исцелил» или «Господь исцеляет». Основа «рафа» переводится как «врач, целитель». В христианской и иудейской традиции архангел Рафаил почитается как могущественный целитель людей и животных, поэтому имя было широко распространено в среде духовенства и простого народа.

В основе фамилии лежит разговорная форма имени — Рафаенко. Так на украинских и южнорусских территориях могли называть сына Рафаила, а суффикс -ов добавился позже при русификации или адаптации фамилии под северные говоры. Модель образования проста: имя → отчество → фамилия. Сначала отчество Рафаенков означало «сын Рафаена», а затем закрепилось как наследственное родовое имя.

В отличие от более распространённой фамилии Рафаилов, форма Рафаенков встречается заметно реже. Это указывает на то, что предки носителей фамилии жили на стыке культур — там, где украинское окончание -енко встречалось с русской притяжательной формой -ов. Такое смешение типично для Слобожанщины, Курской и Воронежской губерний, где в XVII–XIX веках активно селились выходцы из Малороссии.

Имя Рафаил в народе часто переделывали на свой лад: Рафаен, Рафай, Рафа. Поэтому не стоит удивляться, что у односельчан одного Рафаила могли появиться разные фамилии: Рафаенков, Рафаилов, Рафалов. Все они — ответвления одного корня, и все указывают на предка, носившего библейское имя целителя.