Фамилия Рафаил — редкий случай, когда фамилия полностью совпадает с личным именем, причем именем не славянского, а библейского происхождения. В основе лежит древнееврейское имя Рефаэль (רְפָאֵל), которое переводится как «Бог исцелил» или «целитель Божий». В русской православной традиции имя Рафаил известно по архангелу Рафаилу — одному из семи архангелов, почитаемому как покровитель врачей и путешественников. Однако фамилия Рафаил не могла возникнуть из прямого почитания архангела: в крестьянской среде такие имена давали редко, чаще в монашестве или духовном сословии.

Словообразовательная модель здесь нестандартна. У большинства русских фамилий есть суффикс (-ов, -ин, -ский), который оформляет основу. Фамилия Рафаил стоит без суффикса, в чистом виде — это так называемая «календарная» или «именная» фамилия. Такие фамилии характерны для духовенства: семинаристы и священники нередко получали фамилии по имени святого или по празднику, иногда без дополнительных формантов. Например, фамилии Амвросий, Варнава, Иероним — все они образованы по тому же принципу. Вероятнее всего, предок носителя фамилии Рафаил был либо священнослужителем, либо происходил из семьи, где это имя дали в честь архангела, а затем оно закрепилось как родовое прозвание.

Географически фамилия Рафаил встречается крайне редко. Основные очаги — юг России и Украина, а также регионы, где было сильно влияние греческой или южнославянской церковной традиции. В центральной России она почти не фиксируется. Встречается она и у еврейских семей, особенно у ашкеназских: там имя Рафаил давали в честь библейского персонажа, и в XIX веке при переходе к фамилиям оно могло закрепиться без изменений. В таком случае фамилия могла писаться как Рафаэль или Рафаил в зависимости от региона и языка документов.

В отличие от фамилий на -ов (Рафаилов), которые означают «сын Рафаила», фамилия Рафаил говорит о том, что само имя стало фамилией напрямую. Это делает её более древней по типу образования, хотя по времени фиксации в документах она может быть поздней — такие фамилии часто оформлялись в XIX веке при переписях, когда писарь записывал человека по имени без добавления отчества или суффикса. Носителям фамилии стоит помнить: их фамилия — буквальное имя архангела-целителя, и в этом её уникальность среди тысяч русских фамилий на -ов и -ин.