Фамилия Рафаилова хранит память о крестильном имени дальнего предка, и расшифровать её довольно просто. В основе лежит восточное мужское имя Рафаил, которое в переводе с древнееврейского означает «Бог вылечил» или «исцеление Божие». Это имя известно каждому по библейскому архангелу Рафаилу, покровителю медицины и странников, поэтому нарекая сына Рафаилом, родители вкладывали в него надежду на духовную чистоту, веру и божественное покровительство в делах.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе на твёрдый согласный добавили суффикс -ов, а затем родовое окончание -а. Так что сначала появилась форма Рафаилов для мужчины, главы семьи, а уж потом — Рафаилова для его потомков женского пола. Впрочем, в старинных документах встречается и вариант Рафаилов, и более редкая форма Рафаильский, но именно Рафаилова закрепилась как самостоятельная фамилия.

Интересно, что имя Рафаил в русской традиции долго оставалось редким, почти исключительно монашеским. Поэтому фамилию Рафаиловы чаще носили потомки священнослужителей или выходцев из церковной среды, где библейские имена передавались из поколения в поколение. Светские люди предпочитали более привычные имена, а потому и фамилия эта встречается нечасто, что делает её своеобразным маркером семейной истории, уходящей корнями в духовное сословие.

Отдельного упоминания заслуживает ударение: в фамилии оно обычно падает на второй слог — Рафа́илова, хотя в самом имени допустимо и Рафаи́л. Эта разница в произношении иногда приводит к путанице, но на письме фамилия всегда сохраняет свою форму, бережно донеся до нас имя человека, жившего несколько столетий назад.