Фамилия Рафаэлова — сравнительно редкая в русской среде, и её происхождение почти наверняка связано не с русской, а с библейской или западноевропейской традицией. В основе лежит личное имя Рафаэль, которое восходит к древнееврейскому имени одного из архангелов, означающему «Бог исцелил» или «целитель Божий». В христианском и иудейском мире имя было популярно, но в России в крестьянской и купеческой среде до XX века встречалось редко — чаще у духовенства или в семьях, получивших образование в семинариях, где библейские имена давали по святцам.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Рафаэл- добавлен суффикс -ов-, указывающий на принадлежность («чей?» — Рафаэлов сын). Однако здесь мы видим женскую форму — Рафаэлова. Это значит, что перед нами либо фамилия женщины (в современном употреблении), либо историческая форма, зафиксированная в документах для женской ветви рода. Мужской вариант — Рафаэлов — встречается ещё реже.

Обращает на себя внимание суффикс -эл-, который для русских фамилий нетипичен. В исконно русских именах конечное -ил встречается (Даниил, Михаил), но форма Рафаэл (с ударным «э») — явный признак заимствования, скорее всего, через западноевропейские языки (немецкий или французский, где имя звучало как Raphael). В русской традиции библейское имя чаще писалось как Рафаил, и от него пошли бы фамилии Рафаилов или Рафаиловский. Форма Рафаэлова — более поздняя, книжная, возможно, связанная с семьями, где ценили европейское образование или католическую культуру (например, среди обрусевших немцев, поляков, армян или евреев).

По сословной принадлежности сказать сложно: документальных свидетельств о массовом бытовании фамилии в дворянской или купеческой среде нет. Скорее всего, это фамилия интеллигенции — врачей, учителей, священников, музыкантов, — где имя Рафаэль давали в честь художника Рафаэля Санти или архангела. Встречается она и у народов Кавказа и Закавказья, где имя Рафаэль (Рафаэл) распространено шире, чем в центральной России.

Главное, что стоит запомнить: Рафаэлова — не крестьянская фамилия от прозвища, а «именная», книжная, с явным библейско-европейским следом. Если вы носите эту фамилию, предки почти наверняка были грамотными людьми, возможно, связанными с духовенством, искусством или наукой.