Фамилия Рахмонова образована от мужского имени Рахмон. Это имя, в свою очередь, имеет арабские корни и восходит к слову «рахман» («милостивый», «милосердный»). В исламской традиции «Ар-Рахман» — один из эпитетов Аллаха, означающий «Всемилостивый». Таким образом, основа фамилии — теофорное имя, то есть имя, включающее в себя отсылку к Богу.

В русской среде фамилии на -ов/-ев типичны, но в данном случае мы имеем дело не с исконно русским именем. Фамилия Рахмонова — яркий пример фамилии, занесённой в русский именослов из тюрко-татарской или среднеазиатской среды. Имя Рахман (в разных вариантах: Рахмон, Рахманкул) было распространено у татар, башкир, казахов, узбеков и таджиков. После присоединения Средней Азии к Российской империи и в советское время эти имена фиксировались в документах на русский лад, получая патронимический суффикс -ов. Женская форма Рахмонова указывает на то, что носительница — дочь или жена человека по фамилии Рахмонов.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь основа не прошла через народную переработку. Имя Рахмон вошло в документы почти без изменений, минуя стадию прозвища или уменьшительной формы. Это говорит о сравнительно позднем появлении фамилии в русском контексте — скорее всего, не ранее XIX века, когда начался массовый учёт населения окраин империи.

В современной России фамилия встречается преимущественно в регионах с большим числом мигрантов из Средней Азии, а также среди потомков татарских и башкирских родов. Встречается и вариант Рахманова — с буквой «а» во втором слоге, что отражает более привычное для арабского произношение. Форма Рахмонова тяготеет к таджикскому и узбекскому произношению, где ударение падает на последний слог.