Фамилия Родонитов — редкая, книжная по происхождению и явно поздняя. Она образована не от прозвища или имени, а от названия минерала — родонита, камня розового или малинового цвета, который в России называют ещё «орлецом». Модель образования прозрачна: основа Родонит- плюс патронимический суффикс -ов, который в русских фамилиях означает принадлежность («чей?»). По сути, Родонитов — это «сын того, кто имеет отношение к родониту».

Такие фамилии редко возникали в крестьянской среде, где основой служили мирские имена, профессии или черты характера. Родонитов — искусственная, семинарская фамилия. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко меняли бытовые фамилии на «благозвучные», связанные с ботаникой, астрономией, камнями или латинскими терминами. Родонит здесь мог быть выбран либо по цвету (как намёк на румянец, здоровье, красоту), либо просто ради красоты звучания — семинарские фамилии нередко давались по названиям драгоценных и полудрагоценных камней: Аметистов, Топазов, Яхонтов.

Есть и другая версия, менее вероятная, но допустимая: в редких случаях фамилию могли дать человеку, связанному с добычей или обработкой родонита — например, на Урале, где этот камень добывали с XVIII века. Однако для рабочей среды типичнее прозвищные фамилии вроде Каменщиков или Горщиков, а не книжный Родонитов. Поэтому семинарское происхождение остаётся основным.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных справочниках и телефонных книгах она почти не фиксируется за пределами единичных случаев, что подтверждает её позднее и узкое происхождение. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были из духовного звания — священники, дьяконы или их дети, получившие фамилию при поступлении в училище.

Однокоренных фамилий в русском языке немного: Родонитов — почти изолированный случай. Спорных трактовок корня нет: «родонит» — термин научный, от греческого ῥόδον (роза), и никакого иного бытового значения у этого слова не было.