Фамилия Рубэн — редкий случай в русском ономастиконе, где формально славянская модель столкнулась с нерусским корнем. На вид это типичная фамилия на -ен (как Ковален, Голубен), но на деле перед нами скорее всего застывшая запись еврейской фамилии Рубен.

В России и на постсоветском пространстве фамилию Рубэн могли получить носители библейского имени Рувим (Реувен) — первенец Иакова, родоначальник колена Рувимова. На идише и в ашкеназской традиции это имя звучало как Рубен. При записи в документы по-русски окончание -ен могли передать с твёрдым знаком на конце (Рубэнъ), а позже, после реформы орфографии, буква «ять» исчезла, но написание с «э» могло закрепиться. В отличие от более частого варианта Рубен, где ударение на первый слог, в фамилии Рубэн ударение почти всегда падает на последний слог — это тоже указывает на искусственное, книжное происхождение формы.

Вторая версия, менее вероятная, — связь с диалектным глаголом «рубить» или прозвищем «Рубя». Однако суффикс -эн нехарактерен для восточнославянских фамилий, образованных от глагольных основ (там обычно -ин, -ов, -ец). Скорее всего, если бы фамилия была русской, мы бы видели Рубов, Рубин или Рубцов.

Географически фамилия Рубэн встречается в основном среди еврейского населения бывшей черты оседлости: в Беларуси, на западе Украины, в Молдове. Встречается и в армянской среде — как вариант написания фамилии Рубенян (с отсечением окончания -ян). Но в этом случае ударение чаще ставят на первый слог.

Таким образом, носитель фамилии Рубэн с высокой вероятностью имеет предка, которого в документах записали как Рубен (от имени Рувим), и форма с «э» и твёрдым окончанием — это не ошибка, а особенность дореволюционного делопроизводства, закрепившаяся в паспорте.