Фамилия Рубейкина — женская форма, а мужская, Рубейкин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Рубейкин буквально значит «сын (или потомок) Рубейки». Вопрос в том, что скрывается за основой «Рубейк-».

Скорее всего, в основе лежит прозвище или неканоническое имя Рубейка. Оно могло возникнуть от глагола «рубить» — например, так могли назвать дровосека, лесоруба или человека, который рубил избы. Суффикс -ейк- в русских прозвищах часто придаёт оттенок уменьшительности или пренебрежения, поэтому Рубейка — это, вероятно, «маленький рубщик» или «сын рубщика». В говорах слово «рубейка» также могло означать короткую одежду или безрукавку, но эта версия менее вероятна для прозвища.

Менее очевидный, но возможный путь — связь с диалектным словом «рубей» (вид грубой ткани или ряднины). В таком случае Рубейкой могли прозвать ткача или торговца холстом. Однако в ономастике примеры фамилий от названий тканей встречаются реже, чем от ремёсел, поэтому версия с «рубить» выглядит надёжнее.

Географически фамилия Рубейкин тяготеет к центральным и северным областям России, особенно к бывшим Вятской и Костромской губерниям, где лесные промыслы и рубка были распространены. Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а, -я, и он встречается в тех же регионах чаще, чем в южнорусских землях.

По сословному происхождению Рубейкины, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками. Фамилия не относится к числу дворянских и не встречается в родословных книгах знати — это «народная» фамилия, возникшая в среде, где прозвище закреплялось за конкретным родом занятий или внешним признаком.