Фамилия Рубочкина — женская форма фамилии Рубочкин, и её происхождение неочевидно: она редкая, и корень здесь вызывает споры. В отличие от фамилий с прозрачной основой (вроде Кузнецов или Иванов), Рубочкин — пример, где исходное слово почти вышло из обихода, и его приходится реконструировать.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Рубочкин, то есть сын или потомок Рубочки). Основа — «Рубочка» или «Рубочк(а)». Уменьшительно-ласкательный суффикс -очк- (с чередованием к/ч) говорит о том, что прозвище или имя, от которого пошла фамилия, было неофициальным, домашним. Вероятнее всего, исходная форма — «Рубка» (от глагола «рубить»), и «Рубочка» — это ласковое обращение к человеку с таким прозвищем. Прозвище Рубка могли дать дровосеку, плотнику, воину (рубака) или человеку с резким, рубленым характером.

Менее вероятная, но возможная версия — связь со словом «рубаха» или «рубище» (одежда). В говорах встречается форма «рубочка» как вариант слова «рубашка» (ср. «рубаха» — «рубашка»). Если так, то прозвище Рубочка мог получить портной, бедняк (носивший рубище) или человек с какой-то приметной одеждой. Однако эта версия слабее, потому что в русских фамилиях от названий одежды суффикс -ин обычно присоединяется к основе без уменьшительного суффикса (ср. Шубин, Кафтанов, а не Шубочкин).

Географически фамилия Рубочкин встречается крайне редко, в основном в центральных и южных областях России (Тамбовская, Воронежская, Ростовская области). В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что указывает на позднее оформление (скорее всего, в XIX веке) или на то, что она возникла в среде крестьян и мещан, а не дворянства. Сословная принадлежность носителей, судя по косвенным данным, — крестьянство или ремесленники, что хорошо согласуется с «рабочей» версией прозвища.

Таким образом, Рубочкин — фамилия, которая почти наверняка пошла от прозвища Рубка/Рубочка, связанного с рубкой (дров, строительством или боем). Уменьшительная форма с -очк- придаёт ей оттенок фамильярности или ласки, характерный для деревенских прозвищ.