Фамилия Рудобольский — яркий пример того, как в русской ономастике переплелись цвет, боль и социальный статус. В основе фамилии лежит прилагательное «рудой» — древнерусское и диалектное слово, означающее «красный», «рыжий», «кровавый». В таком значении оно родственно украинскому «рудий» и польскому «rudy». Вторая часть — «боль» — может указывать как на физическое страдание, так и на нечто большое (от «боли» в значении «много», «очень» в некоторых говорах). Таким образом, первичное прозвище Рудобол могло означать человека с ярко-рыжей шевелюрой или того, кто «красен от боли» (например, после тяжелой работы или ранения).

Суффикс -ск- указывает на дворянский или шляхетский способ образования фамилий в польской и западнорусской традиции. Фамилии на -ский первоначально закреплялись за владельцами поместий по названию имения. Если существовало поселение (или урочище) с названием Рудоболье или Рудоболь, то владелец или житель такого места становился Рудобольским. В этом случае топоним мог возникнуть от тех же корней: «рудой» (красный) и «боль» (в значении «топь», «болото» — как в слове «болотье»). Тогда Рудоболье — это «красное болото», место с рыжей торфяной водой или ржавыми ручьями.

Вероятнее всего, фамилия имеет западное, польское или белорусское происхождение. В Речи Посполитой было множество мелких шляхтичей, носивших фамилии на -ский, образованные от названий крошечных хуторов или урочищ. Встречаемость фамилии в современных российских архивах крайне низка, что подтверждает её локальный и, возможно, угасший характер. Если вести поиск по старым метрическим книгам XIX века, следы Рудобольских скорее найдутся в Гродненской, Минской или Могилёвской губерниях.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна: основа состоит из двух корней, соединённых соединительной гласной «о», что типично для прозвищ-композитов. В отличие от фамилий вроде Руднев или Руденко (от «руда» в значении «кровь» или «грязь»), Рудобольский сохраняет архаичную форму прилагательного «рудой» и неясную вторую часть, что делает её одной из тех фамилий, где точная этимология остаётся предметом спора. Единственное, в чём сходятся исследователи: фамилия не могла возникнуть случайно — за ней стоит либо конкретный географический объект, либо яркое внешнее качество предка.