Фамилия Рудзеева — женская форма от мужской фамилии Рудзеев, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени предка. Основа «Рудз-» чаще всего связана с корнем «руд-», который в русских говорах и соседних славянских языках имел два значения: «руда» (кровь) и «рыжий, красный». В белорусском и польском языках слово «rudy» означает именно «рыжий», а «rudzić» — «пачкать, марать». Таким образом, Рудзей могли прозвать человека с рыжими волосами, либо того, кто работал с красной глиной или добывал руду.

Суффикс «-еев» указывает на патронимическую модель: Рудзеев — буквально «сын Рудзея». Форма «-еев» вместо более привычного «-ов» возникает, когда основа оканчивается на мягкий согласный или «й». В данном случае исходное прозвище Рудзей или Рудзень дало фамилию через притяжательное прилагательное. Это типично для восточнославянских фамилий, особенно распространённых в белорусских и смоленских землях, где мягкое окончание встречается чаще, чем в великорусских говорах.

География фамилии сегодня довольно узкая. Рудзеевы встречаются преимущественно в западных областях России (Смоленская, Брянская, Псковская) и в восточной Беларуси. Это подкрепляет версию о белорусском или западнорусском происхождении. Встречается также вариант с ударением на первый слог — Рудзеев, что может указывать на разное диалектное произношение.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с личным именем Рудольф — через уменьшительную форму Рудзя. Однако для крестьянской среды XIX века такое имя было редкостью, поэтому основная гипотеза остаётся прозвищной: предок носителя фамилии был либо рыжим, либо рудокопом. Сословно фамилия чаще всего принадлежала крестьянам или мещанам, так как в дворянской среде такие «говорящие» прозвища обычно переделывали в более благозвучные формы.