Фамилия Руфалэ — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не прозвище и не профессия, а топоним, да ещё и с нетипичным для русской ономастики окончанием. Это не исконно русская фамилия, а скорее всего, молдавская или румынская по происхождению, что сразу выдаёт конечное -э. В русском языке такое окончание почти не встречается в фамилиях, зато характерно для восточнороманских языков, где оно может обозначать принадлежность или происхождение.

Корень «Руфал» почти наверняка восходит к названию села Руфалэ (Rufale) — такой населённый пункт существует в Молдавии, в Дрокиевском районе. Фамилия образована по модели «название села + суффикс принадлежности»: житель Руфалэ получал прозвище Руфалэ, которое затем закрепилось за его потомками. В молдавской традиции фамилии нередко совпадают с названиями сёл, и окончание -э, -а или -у указывает на то, что человек оттуда родом. Таким образом, предок носителя фамилии Руфалэ был выходцем из этого села, и фамилия буквально означает «руфалец», «тот, кто из Руфалэ».

Само название села Руфалэ, скорее всего, имеет тюркские корни, что типично для топонимики Бессарабии. Оно могло произойти от тюркского личного имени или прозвища, но точную этимологию установить сложно — документальных свидетельств о значении этого слова в молдавском или тюркских языках не сохранилось. В любом случае, для носителей фамилии важнее не значение корня, а географическая привязка: фамилия указывает на конкретное место в исторической Бессарабии.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, которые указывали бы на патроним или вотчину. Это так называемая «топонимическая» фамилия в чистом виде, без дополнительных формантов. Встречаются такие фамилии в основном среди молдаван и румын, а также у русских, переселившихся в XIX — начале XX века из Бессарабии в другие регионы Российской империи. Социальный состав носителей, вероятно, был крестьянским или мещанским — владельцами земли в тех краях были преимущественно бояре, а простые люди получали фамилии по месту жительства.