Фамилия Руфуллаев — одна из тех, что сразу указывает на восточные, а точнее тюрко-исламские корни. Её основа — личное имя Руфулла, которое представляет собой вариант арабского имени Рухулла (или Рухолла). В переводе с арабского «рух» означает «дух», «душа», а «Алла» — Бог. Таким образом, имя Руфулла (Рухулла) переводится как «дух Аллаха» или «божественный дух». Это теофорное имя, то есть содержащее указание на Бога, распространённое в мусульманских культурах, особенно у народов, использующих арабскую письменность и исламскую традицию.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для многих народов бывшего СССР: к имени Руфулла добавился русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Суффикс -ев в данном случае не указывает на русское происхождение, а лишь оформляет фамилию по русской грамматической модели, которая была распространена в документах Российской империи и советских паспортах. Фактически Руфуллаев — это «сын Руфуллы» или «потомок Руфуллы».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где распространены тюркские языки и ислам суннитского толка. Чаще всего её можно встретить в Дагестане, Чечне, Ингушетии, а также среди азербайджанцев и татар. Встречаются варианты написания: Рухуллаев, Рухоллаев, Руфуллаев. Последний, с буквой «ф», мог возникнуть из-за местных диалектных особенностей произношения — замена глухого «х» на «ф» или упрощение звукосочетания.

Социальный контекст появления фамилии типичен для конца XIX — начала XX века, когда у горских народов Кавказа и Поволжья началась массовая фиксация фамилий в метрических книгах и призывных списках. Предки носителей фамилии, скорее всего, были людьми религиозными или уважаемыми в общине — имя Рухулла нередко давали в честь религиозных деятелей или как благословение. Никаких данных о дворянском происхождении или принадлежности к определённому сословию нет: это фамилия крестьян, горцев, ремесленников, получивших её по отцу.

В ономастических справочниках фамилия Руфуллаев не относится к числу широко исследованных, но её разбор прозрачен: это классический пример перехода арабского теофорного имени в русскоязычную фамилию через тюркскую среду. Если сравнивать с однокоренными, то родственными будут фамилии Рухуллаев, Рухоллаев, а также более редкая Руфулла.