Фамилия Рухуллаева — женская форма фамилии Рухуллаев, которая имеет ярко выраженное восточное, а точнее — тюрко-мусульманское происхождение. В основе лежит арабское составное имя Рухулла, что переводится как «дух Аллаха» или «милость Аллаха» (от «рух» — дух, душа и «Аллах» — Бог). Такое теофорное имя (содержащее отсылку к Всевышнему) было распространено в среде народов, исповедующих ислам, особенно в Закавказье и Средней Азии.

Суффикс -ев (а в женском варианте -ева) указывает на русскую модель оформления фамилий, которая закрепилась в XIX–XX веках при документальной фиксации нерусских фамилий. Изначально фамилия Рухуллаев означала «сын Рухуллы» или «принадлежащий роду Рухуллы». В азербайджанской, лезгинской, татской и некоторых других среде фамилии на -ов/-ев стали массово записывать после переписи 1897 года и в советское время, когда требовалась унификация по русскому образцу.

Географически фамилия Рухуллаева чаще всего встречается в Дагестане, Азербайджане, а также среди выходцев из этих регионов. В русских документах она могла записываться с разным ударением, но в исходном языке ударение падает на последний слог — Рухулла́ев. Интересно, что имя Рухулла встречается и в шиитской традиции как один из эпитетов пророка Мухаммеда, что придаёт фамилии дополнительный религиозный оттенок.

Социально носители этой фамилии в основном происходят из крестьянских или ремесленных слоёв, так как дворянства в привычном российском понимании у народов Кавказа не было, а фамилии фиксировались по отцу. Вероятно, предок человека с фамилией Рухуллаев носил имя Рухулла, что могло указывать на его набожность или уважение в общине.