Фамилия Ругинис — почти наверняка литовского происхождения. На это указывает характерный суффикс -ис, который в литовском языке является окончанием именительного падежа мужского рода. В русском языке такие фамилии обычно не склоняются (Ругинис, Ругинису, о Ругинисе), хотя в самой Литве они изменяются по падежам. По сути, это не фамилия в привычном для нас смысле «отчества», а застывшая форма прозвища или имени.

Основа Ругин- восходит к литовскому слову rugiai — «рожь». Скорее всего, прозвище Ruginis (или Ruginis) получил человек, как-то связанный с этой зерновой культурой: крестьянин, сеявший рожь, владелец ржаного поля, либо же тот, кто торговал рожью или молол её. В литовской ономастике такие «растительные» фамилии — не редкость: сравните с фамилиями Kvietinis (от kviečiai — «пшеница»), Avižinis (от avižos — «овёс»). Вторая возможная, но менее вероятная версия — происхождение от личного имени Rugys (в значении «человек с рыжеватыми волосами, цвета ржи»), хотя такое имя не было широко распространено.

С географической точки зрения фамилия Ругинис наиболее характерна для северо-восточной Литвы и исторической Жемайтии. Встречается она и в Латвии (в латышском варианте — Ruginis), но там её могли записать с окончанием -s. В России носители фамилии — это, как правило, потомки литовцев, переселившихся в XIX–XX веках, либо люди, чьи предки получили фамилию при переписях в западных губерниях Российской империи (Ковенской, Виленской, Сувалкской).

Любопытно, что в литовском языке есть и слово ruginis как прилагательное — «ржаной». Не исключено, что прозвище могло быть не только профессиональным, но и ироничным: так могли назвать человека, который постоянно ел ржаной хлеб (в отличие от более зажиточных, питавшихся пшеничным), или того, кто носил одежду из грубой ржаной соломы. Но главное — в основе фамилии лежит конкретный, осязаемый образ, связанный с землёй и трудом.