Фамилия Рагинис — один из тех случаев, когда на слух она звучит как славянская, но механизм её образования выдаёт иное происхождение. В русском языке фамилии на -ис — редкость, они не вписываются в стандартные модели на -ов, -ин или -ский. Здесь работает другая традиция: окончание -ис характерно для литовских и латышских фамилий, где оно выполняет ту же роль, что и русское -ов, то есть указывает на принадлежность.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Рагинис. В литовском языке слово рагинис (raginis) напрямую связано с рогом (ragas). Это могло быть прозвище человека с каким-то «рогатым» признаком: либо по профессии (пастух, скорняк, работавший с рогом), либо по внешности (например, человек с торчащими волосами или с особенностью строения головы). В литовской ономастике есть и женская форма Рагинене, и фамилия Рагинскас, но Рагинис — самая прямая, без суффиксального усложнения.

В русском контексте фамилия Рагинис почти наверняка литовского или жемайтского происхождения. Исторически это фамилия жителей западных губерний Российской империи — Ковенской, Виленской, Сувалкской. После присоединения этих земель к России в XIX веке многие литовские фамилии сохранили оригинальное написание, но стали бытовать среди русскоязычного населения. Встречается также вариант Рагинис с ударением на второй слог, что ближе к литовскому произношению.

Версия о том, что фамилия могла произойти от редкого славянского корня «раг» (как в слове «рог») с прибавлением латинского суффикса, — маловероятна. Такая гибридная модель не подтверждается ни историческими документами, ни данными ономастики. Гораздо проще и логичнее считать Рагинис чисто литовской фамилией, которая в русском языке прижилась без изменений.

Искать однокоренные фамилии среди русских — задача неблагодарная. Ближайшие аналоги — Рагулин, Рогов, но они образованы от разных основ. Рагинис стоит особняком: это не переосмысленная славянская форма, а прямой перенос балтийской фамилии в русский обиход. Предок носителя такой фамилии, скорее всего, был литовцем или жемайтом, жившим на территории современной Литвы или приграничных областей Беларуси и Польши.