Фамилия Руксенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. Суффикс -енко, характерный для Поднепровья и Левобережной Украины, изначально означал «маленький» или «сын»: Руксенко — это «сын Руксы» или «потомок Руксы». Вопрос в том, что скрывается за основой «Рукс-».

Здесь возможны два основных пути. Первый: основа восходит к прозвищу Рукса, которое могло произойти от глагола «рукать» — в южнорусских и украинских говорах это «кричать, шуметь, браниться». В таком случае прозвище Рукса дали человеку крикливому, сварливому или, наоборот, громогласному, заводиле. Второй вариант: Рукса — это производное от личного имени Роман (через формы Романко → Ромакс → Рукс). Такая цепочка сокращений — «Роман» до «Рукс» — возможна, но менее вероятна, так как для украинской ономастики типичнее усечение до Ромко или Ромаш, а не до Рукс.

Нельзя исключать и редкую версию, связывающую фамилию с немецким или прибалтийским корнем «Rucks» (рюкзак, ноша) — в эпоху переселений немецких колонистов на юг Украины в XVIII–XIX веках прозвище могло прижиться и обрусе́ть. Однако для фамилии Руксенко, распространённой в основном в центральных и восточных областях Украины, славянское происхождение от прозвища Рукса («крикун») выглядит самым прямым и правдоподобным.

Фамилия не относится к древним дворянским — суффикс -енко массово закрепился у казачества и крестьянства в XVI–XVII веках, так что предки Руксенко, скорее всего, были людьми служилыми или свободными землепашцами в Запорожской Сечи или на Гетманщине. Встречаются и написания с одной «с» — Руксенко — это нормальная вариация, не меняющая смысла.