Фамилия Рукшенас звучит не по-русски, и это верная подсказка: перед нами литовская фамилия. Её выдает типичный литовский суффикс -ас, который в мужских фамилиях указывает на именительный падеж и является стандартным окончанием. Если отбросить это окончание, остаётся основа Рукшен-.

Корень этой основы — «рукш-», который восходит к литовскому прилагательному rukšas или глаголу rukšti. Значение связано с понятиями «морщинистый», «сморщенный», «сжатый». В русском языке есть похожее слово «рукша» — так в некоторых говорах называли неопрятного, неряшливого человека или, по другой версии, того, кто ходит сгорбившись, «сморщившись». Вряд ли прозвище Рукша давали из добрых побуждений: скорее всего, оно описывало внешность (морщинистое лицо) или манеру держаться.

Вероятный путь образования фамилии: литовец или житель пограничных с Литвой земель (например, бывшей Виленской или Ковенской губерний) получил прозвище Рукша. Его дети стали Рукшенами — так литовский суффикс -ен- (-ėnas) часто указывает на принадлежность к роду, буквально «сын Рукши» или «из семьи Рукши». Полная форма Рукшенас закрепилась уже в официальных документах, когда литовские фамилии получили стандартные окончания.

Фамилия редкая и почти не встречается за пределами Литвы и диаспоры. В России её можно найти в единичных случаях, и почти всегда это потомки литовцев, переселившихся в XIX–XX веках. Никакой связи с дворянством или известными историческими родами у Рукшенаса нет — это фамилия крестьянского или мещанского происхождения, образованная от бытового прозвища по внешнему признаку.