Фамилия Рунаева — редкий случай, когда основа не очевидна, а суффикс помогает отсечь лишние версии. Принадлежит к самой распространённой модели русских фамилий: на -ев (фонетический вариант суффикса -ов после мягких согласных). Значит, в основе лежит прозвище или имя Рунай. Что скрывается за этим звучанием — вопрос, на который нет одного ответа, но есть несколько рабочих гипотез.

Самая прямая версия отсылает к диалектному слову «руна» или «руно». В говорах русского севера «руной» называли овечью шерсть, а в переносном смысле — косматого, лохматого человека. Прозвище Рунай могли дать за густые волосы, неопрятную шевелюру или, наоборот, за занятие, связанное с шерстью — стрижкой овец, валянием войлока. Модель образования проста: прозвище Рунай → фамилия Рунаев (чей сын? — Рунаев).

Менее очевидная, но допустимая версия — связь с древним скандинавским корнем «rún» (тайна, руна). Для русской фамилии это экзотично, но в новгородских землях, где оседали варяги, могли возникнуть прозвища вроде Рунай — «знающий руны», «ведун». Однако надёжных подтверждений этой гипотезе нет, и в бытовой ономастике она уступает «шерстяной» версии.

Суффикс -ев указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где преобладала патронимическая модель: от отчества. Никаких следов дворянского или духовного происхождения в окончании нет — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, которая закрепилась к XVII–XVIII векам. Географически фамилия Рунаева встречается в основном в центральных и северных областях России (Вологодская, Архангельская, Костромская), что косвенно подтверждает версию с северными говорами.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Рунов, Рунин, Рунаев — показывает, что все они образованы от одной основы, но с разными суффиксами. Рунова — более частая форма, а Рунаева осталась менее распространённой, что типично для фамилий, закрепившихся в одном роду без массового расселения.