Фамилия Руненкова образована от прозвища Руненок, и в основе её лежит слово «руно». В прямом значении это «шерсть, сдираемая с целой овцы по весне или состригаемая полстью», но в говорах Владимирской и Тверской губерний слово обросло иными смыслами. Там руном называли снятую с плеч худую одежонку, лохмотья, а также старую рухлядь и домашний скарб. Отсюда и развилка в толковании прозвища: Руненком могли прозвать стригаля овец, кудрявого человека, а могли — старьевщика или бедняка, чей вид напоминал о ветоши.

Суффикс -енок в прозвище указывает на молодое существо или детёныша, что типично для северорусских и сибирских говоров. Так могли называть не взрослого мастера, а его помощника, подпаска или парня с кудрявой шевелюрой. Сама фамилия Руненкова — женская форма, мужской вариант — Руненков. Такая модель типична для фамилий, закрепившихся в среде, где детей записывали по отцу, а затем и по деду.

Существует и версия о польском источнике: слово runna означало «лоток». В этом случае прозвище Руненок относилось к «профессиональным» именованиям — так могли величать уличного торговца, разносчика товара с лотком. Версия правдоподобна, но менее вероятна для исконно русских говоров: слишком уж устойчива связь с «руном» в восточнославянской лексике.

Исторические документы сохранили родственные прозвища. В трудах С. Б. Веселовского упоминаются Рунец Иванович Шишмарев, помещик 1550 года из Москвы, Руно Иван Дмитриевич, московский воевода в походе под Казань 1469 года, и Рунцов Матвей Позняков, 1530 год, Дмитров. Эти записи показывают, что корень «рун-» бытовал в именованиях разных сословий — от воевод до помещиков, — а значит, прозвище не было закреплено за одним родом занятий.

Потомки человека по прозвищу Руненок со временем получили фамилию Руненковы. Сегодня она встречается редко, и её носители, скорее всего, происходят из тех регионов, где слово «руно» имело двойное значение — либо из овцеводческих районов, либо из мест с владимирскими и тверскими говорами. Точную географию расселения Руненковых проследить сложно, но сам разброс значений прозвища говорит о том, что предки могли быть и пастухами, и торговцами, и просто людьми с приметной внешностью.