Фамилия Руненков — это классический пример того, как личное прозвище, данное человеку несколько веков назад, закрепилось за его потомками и превратилось в родовое имя. В основе фамилии лежит прозвище Руненок, а суффикс -ов указывает на принадлежность: Руненков буквально означает «сын Руненка», «наследник Руненка». Такая модель образования — одна из самых распространённых в русской ономастике, что делает фамилию типичной для восточнославянской традиции, но при этом её корень таит в себе несколько неожиданных смысловых поворотов.

Прямое значение слова «руно» известно каждому: это шерсть, снятая с овцы. Однако в старину это слово имело более широкий и даже переносный смысл. Во владимирских и тверских говорах руном называли не только овечью шерсть, но и «снятую с плеч худую одежку, лохмотья», а также старую рухлядь и домашний скарб. Отсюда и две главные версии происхождения прозвища. Согласно первой, Руненком могли прозвать стригаля овец — человека, чьё ремесло было напрямую связано с руном, либо просто кудрявого человека, чьи волосы напоминали густую овечью шерсть. Согласно второй, прозвище носило ироничный или социальный оттенок: так могли назвать бедняка, одетого в лохмотья, или старьевщика, торгующего подержанными вещами.

Существует и третья, менее очевидная версия, которая выводит прозвище из польского слова runna — «лоток». В этом случае Руненок — это уличный торговец, разносчик товаров, то есть именование, напрямую указывающее на род занятий. Эта гипотеза правдоподобна, но всё же уступает первой: слишком уж выразительным и «домашним» выглядит образ, связанный с овцой и шерстью, для русского слуха. Скорее всего, именно он и лёг в основу прозвища.

Исторические документы подтверждают, что однокоренные прозвища бытовали на Руси давно. В трудах исследователя С. Веселовского упоминаются Рунец Иванович Шишмарев, помещик 1550 года из Москвы, Руно Иван Дмитриевич, московский воевода в походе под Казань 1469 года, а также Рунцов Матвей Позняков, 1530 год, Дмитров. Эти записи показывают, что корень «рун-» использовался в личных именованиях как минимум с XV века, причём среди носителей были и служилые люди, и помещики. Прозвище Руненок, вероятно, возникло в той же среде, а фамилия Руненков оформилась позже, когда процесс становления родовых имён охватил широкие слои населения.

О точном месте и времени возникновения фамилии Руненков сейчас говорить сложно: фамилии формировались постепенно, на протяжении нескольких столетий, и часто независимо в разных регионах. Однако сам факт, что фамилия сохранилась и дошла до наших дней, говорит о том, что предки носителей были людьми заметными, имевшими прочное положение в своей общине. Сегодня фамилия Руненков встречается в разных частях России, и её носители, вероятно, даже не подозревают, что их общий предок мог быть либо мастером по стрижке овец, либо человеком, чью бедность и рваную одежду соседи закрепили в прозвище.