Фамилия Руненков образована от прозвища Руненок. Оно восходит к слову «руно» - «вся шерсть с целой овцы, сдираемая по весне, или же состригаемая полстью». Однако во владимирских и тверских говорах у этого слова было другое значение: «снятая с плеч худая одежка, лохмотья; старая рухлядь, домашний скарб всякого рода». Таким образом, Руненком могли прозвать как стригаля овец (или кудрявого человека), так и старьевщика или бедняка. Согласно другой версии, это прозвище восходит к польскому слову runna — «лоток». В этом случае оно относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род занятий человека: Руненком могли называть уличного торговца. Веселовского упоминаются родственные прозвища и фамилии: Рунец Иванович Шишмарев, помещик, 1550 г., Москва; Руно Иван Дмитриевич, московский воевода в походе под Казань, 1469 г.; Рунцов Матвей Позняков, 1530 г., Дмитров. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Руненок, со временем получил фамилию Руненков.