Фамилия Руненков — это классический пример русского «прозвищного» именования, которое закрепилось за потомками. В её основе лежит прозвище Руненок, и чтобы понять его смысл, нужно заглянуть в словари народных говоров. Прямое значение слова «руно» — шерсть, снятая с целой овцы за один раз, будь то весенняя линька или состриженный пласт. Но в тверских и владимирских говорах слово обросло неожиданным переносным смыслом: так называли снятую с плеч худую одежонку, лохмотья, а то и вовсе старую рухлядь или домашний скарб.

Отсюда и развилка в толковании. Первая версия — «профессиональная» или описательная: Руненком могли прозвать стригаля овец, человека, который работал с руном. С другой стороны, прозвище могло прилипнуть к бедняку, одетому в лохмотья, или к старьевщику, скупавшему ветошь. Вторая гипотеза ведёт родословную от польского runna — «лоток». Тогда Руненок — это уличный торговец, разносчик, чей лоток был его главным рабочим инструментом. Обе версии правдоподобны, но первая, связанная с русской диалектной лексикой, выглядит предпочтительнее: она не требует привлекать иноязычные заимствования, когда есть родное слово с подходящими значениями.

Исторические документы подтверждают, что прозвища с этим корнем бытовали на Руси давно. В труде С. Б. Веселовского упоминаются, например, Рунец Иванович Шишмарев, помещик 1550 года из Москвы, и Руно Иван Дмитриевич, московский воевода, ходивший в поход под Казань в 1469 году. Встречается и фамилия Рунцов — Матвей Позняков, записанный в Дмитрове в 1530 году. Эти примеры показывают, что прозвища от «руна» не были редкостью и могли носить люди разного достатка — от воеводы до, возможно, того самого бедняка с лохмотьями.

Суффикс -енок в прозвище Руненок указывает на уменьшительно-ласкательную форму, а в фамилии он перешёл в разряд патронимических. Правда, стандартная модель образования русских фамилий на -ов/-ев обычно присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный: Руненок → Руненков. Так что фамилия буквально означает «сын Руненка», то есть потомок человека, носившего это прозвище. Со временем форма застыла, и теперь она рассказывает не столько о роде занятий предка, сколько о том, как в XV–XVII веках на Руси складывались родовые имена.