Фамилия Руникин — редкий случай, где прозрачная на первый взгляд форма скрывает сразу несколько возможных корней. Суффикс -ин указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на -а или -я: Руника. Но что стоит за этим словом?

Самая прямая версия отсылает к диалектному слову «руник». В северных и сибирских говорах «руником» называли невысокого, коренастого человека, часто с крепким телосложением. Прозвище могли дать и за манеру «руниться» — то есть упрямиться, спорить, идти наперекор. В этом случае фамилия Руникин — «сын упрямца» или «сын крепыша». Слово встречается в архангельских и вологодских говорах, что даёт возможную географическую привязку: предки Руникиных могли быть выходцами с Русского Севера.

Менее очевидная, но лингвистически возможная версия — связь с каноническим именем Роман. В просторечии Романа могли называть Романя, Романка, а в некоторых диалектах — Руня, Руник (через чередование о/у под влиянием аканья или местного произношения). Тогда Руникин — «потомок Руника», то есть Романа. Такая модель образования (имя + уменьшительный суффикc -ик + фамильный -ин) типична для русских фамилий XIX века.

Третья версия, экзотическая, но не лишённая оснований, — прозвище от слова «руна». Если предок был связан с записью или толкованием древних знаков, его могли прозвать Руником. Однако в русской традиции слово «руна» почти не бытовало в бытовой среде, поэтому эта гипотеза уступает первым двум по правдоподобию.

Фамилия не относится к числу дворянских или широко распространённых. Встречается спорадически, преимущественно в центральных и северных областях России. Судя по модели, Руникины — потомки одного человека, получившего прозвище в XV–XVII веках, когда активно формировались фамилии на -ин от уличных имён.