Фамилия Руников — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь корень «Руник-» требует разбора. Вероятнее всего, в основе лежит прозвище или мирское имя, а не церковное.

Самый прямой путь — к слову «рун» или «руна». В древнерусском языке «рун» могло означать «руда», «кровь», а в некоторых говорах — «рыжий», «красный». Человека с рыжими волосами или румяным лицом могли прозвать Руником. Суффикс -ик в таких прозвищах был распространён: он придавал уменьшительно-ласкательный или просто обиходный оттенок (ср. Боровик, Гвоздик, Косарник). Фамилия Руников, таким образом, означает «потомок Руника», то есть человека, которого так называли за цвет волос или кожи.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с именем Рюрик. В народном произношении «Рюрик» могло упроститься до «Рурик», а затем и до «Руник». Такая переделка — не редкость: от «Рюрик» образовывали фамилии Рюриков, Рюрикович, а форма Руников могла возникнуть как диалектный вариант. Однако эта гипотеза слабее: фамилии от Рюрика чаще встречаются в северных и новгородских землях, а Руников — фамилия, географически не привязанная к какому-то одному региону.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: основа (прозвище Руник) + патронимический суффикс -ов. Это указывает на то, что фамилия закрепилась в среде крестьян или посадских людей, где прозвища были повседневны. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не прослеживается.

Интересно, что фамилия Руников имеет однокоренные параллели: Рунин, Рунов, Руничев. Все они, скорее всего, восходят к одному корню, но разошлись по разным говорам и моделям. Если Руников — это «сын рыжего», то Рунин мог быть образован от той же основы через суффикс -ин. Такое родство помогает отсеять случайные совпадения.

В итоге: ваш предок, скорее всего, получил прозвище Руник за внешность — рыжие волосы или яркий румянец. Фамилия не аристократическая, но живая и понятная, без тёмных заимствований.