Фамилия Рункельс — редкий для России случай, когда немецкая основа сочетается с латышским или польским окончанием. Корень «рункель» восходит к немецкому «Runke(l)» — «свекла». В немецких землях прозвище Runkel мог получить либо крестьянин, выращивавший свёклу, либо человек с крупным носом или головой, напоминавшей корнеплод (шутливые прозвища по сходству с овощами были обычны в Средние века). Формант «-с» на конце — типичный для фамилий прибалтийско-немецкого и латышского происхождения, где окончание указывает на принадлежность (буквально «сын Рункеля» или «из рода Рункелей»). В польском варианте фамилия могла бы выглядеть как Runkels, но в русской передаче сохранилось твёрдое окончание.

Появление фамилии в России связано, скорее всего, с остзейскими немцами или латышами, переселившимися в губернии Российской империи в XVIII–XIX веках. В метрических книгах и ревизских сказках фамилия встречается в основном на западе — в бывших Прибалтийских губерниях, а также в Петербурге и Москве, куда немцы ехали на службу или за образованием. Сословно носители могли быть и крестьянами (свекловодами), и горожанами (ремесленниками, аптекарями), и дворянами — немецкие фамилии не дают однозначной привязки к сословию без дополнительных документов.

Интересная деталь: в русском языке ударение в фамилии чаще падает на первый слог — Рýнкельс, хотя в немецком оригинале возможен второй. Это типичная адаптация: русское ухо «тянет» ударение назад, к корню. Если искать аналоги, то ближайшие — фамилии Рункель (без окончания) и Рункевич (с белорусско-польским суффиксом). Таким образом, Рункельс — не просто «свекольная» фамилия, а маркер миграции и языкового контакта: немецкое слово, прибалтийская огласовка и русская запись.