Фамилия Рункелов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным диалектным словом, а не с крестильным именем. Искать её корни в церковных святцах бесполезно: ни Рункел, ни Рункелий там не значатся. Основа — существительное «рункель» (или «рункель» с мягким знаком), которое в псковских и тверских говорах означало «неповоротливый, неуклюжий человек», а также «увалень» или «нерасторопный работник». Происхождение слова тёмное, возможно, от немецкого «Runke» — свёкла (в значении «толстый, как корнеплод»), но в русской диалектной среде оно закрепилось именно как прозвище по характеру.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к прозвищу Рункел. В документах XVII–XVIII веков такое прозвище могли дать крестьянину или посадскому человеку — оно не дворянское, а скорее бытовое, описывающее манеру поведения. Вариант с ударением на второй слог (Рунке́лов) более вероятен, чем на первый, хотя в устной речи возможны колебания.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: Псковская, Новгородская, Тверская области. В центральных и южных губерниях она почти не встречается, что подтверждает её диалектную природу. В списках однодворцев и государственных крестьян XVIII века она могла записываться как Рункелев (с мягким знаком на конце основы), но в современном написании закрепилась без него.

Родственные фамилии — Рункель, Рункельский, Рункин. Все они восходят к тому же прозвищному корню, но суффиксы указывают на разные модели: -ин (Рункин) — от прозвища Рунка, -ский (Рункельский) — возможный след польского или украинского влияния.

Найти известных носителей фамилии Рункелов в истории сложно: это типичная крестьянская фамилия, не попавшая ни в дворянские родословные, ни в списки знаменитостей. Её ценность — в сохранении редкого диалектного слова, которое уже почти вышло из живого употребления.