Фамилия Рункин образована от прозвища Рунка, которое связано с аналогичным нарицательным. Рункой называют разновидность древкового колющего оружия, представляющую собой фактически копье с двумя дополнительными боковыми наконечниками. В начале XVI века рунка обрела популярность в лейб-гвардии, а со второй половины этого века стала использоваться в качестве парадного оружия. Исходя из этого, можно предположить, что это прозвище получил оружейник. По другой версии, фамилия Рункин, скорее всего, является русифицированным вариантом немецкой фамилии Рунк. Она, в свою очередь, образована от аналогичного прозвища, которое восходит к немецкому слову Runke - «большая глыба». Такое прозвище давали крупному, неуклюжему человеку, который двигался тяжело и шумно. Так и прозвище Рунка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Рункин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Рунка, со временем получил фамилию Рункин.