Фамилия Рунка — редкий случай, когда географический адрес может быть важнее прозвища. Скорее всего, перед нами не русская, а польская или белорусская фамилия, записанная на слух. В польском языке слово «runa» означает «руно» (овечья шерсть), но прямого прозвища «Рунка» от него не образовали бы. Гораздо вероятнее, что это сокращённая форма от названия населённого пункта: в Польше есть деревня Рунка (Runka) в Подляском воеводстве, и житель такой деревни мог получить прозвище Рунка. Переселенцы из этих мест принесли фамилию на восток.

Вторая версия — украинская. В западных областях Украины (Волынь, Подолье) слово «рунка» в диалектах означало «канавка», «бороздка» или «небольшой ручей». Фамилию могли дать человеку, жившему у такого ручья или на окраине села, где проходила межа. Суффикс -к- здесь не уменьшительный, а скорее словообразовательный, как в фамилиях Копытка, Лавка.

С русской точки зрения фамилия выглядит нехарактерно: окончание -а в исходной форме (не склоняемая мужская фамилия Рунка) выдаёт польское или белорусское происхождение. В русских говорах «рунка» — редкое слово, означающее «выемка в печи для золы» (псковские диалекты), но прозвище по печной детали маловероятно.

Спорный вариант — связь с личным именем. В старых польских метриках встречается женское имя Руна (Runa), сокращение от Рут или Ружа. «Рунка» могло быть домашним прозвищем дочери или жены, но фамилии от женских имён в этой среде давали редко, обычно через мужа (Рунин, Рунич). Поэтому гипотеза с топонимом или диалектным словом надёжнее.

Фамилия остаётся локальной: в современной России она почти не встречается, зато фиксируется в Брестской и Гродненской областях Беларуси, а также у потомков польских переселенцев в Сибири. Носители фамилии Рунка — скорее всего, потомки крестьян или мещан с запада бывшей Речи Посполитой, чья фамилия закрепилась в форме, не типичной для великорусского ареала.