Фамилия Рункова — женская форма фамилии Рунков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Здесь есть две основные версии, и обе уводят нас в немецкую языковую среду, что само по себе необычно для русских фамилий.

Первая версия выглядит самой правдоподобной. Фамилия Рунков — это русифицированный вариант немецкой фамилии Рунк, которая образована от прозвища. В его основе лежит немецкое слово Runke — «большая глыба». Согласитесь, прозвище выразительное: так могли назвать крупного, неуклюжего человека, который двигался тяжело и шумно, буквально «как глыба». Прозвища по физическим особенностям — один из самых древних и распространённых пластов в образовании фамилий, так что эта версия логична и проста.

Вторая версия более экзотична. Она возводит прозвище Рунк к немецкому слову Rūna — «руна», «тайна», «криптограмма». Руны — это древнегерманская письменность, которая использовалась с I–II по XII века в Дании, Швеции и Норвегии, с X–XIII века в Исландии и Гренландии, а в шведской провинции Даларна — вплоть до XIX века. После принятия христианства в Северной Европе руны вытеснила латиница, а с XX века они получили новую жизнь как знаки для гадания — древние германцы приписывали им мистические свойства.

Какая версия ближе к истине? Скорее первая. Прозвища от физических качеств давали повсеместно, и они легко переходили в фамилии. Связь с рунами требует допущения, что носитель прозвища как-то был связан с древней письменностью или тайными знаниями, а это уже штучная ситуация. Хотя полностью исключать её нельзя: в немецких землях, откуда могли прийти предки Рунковых, интерес к рунам был достаточно распространён в определённые исторические периоды.

Что касается русской формы, здесь всё типично: к основе Рунк добавили патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность роду. Изначально Рунков означало «сын Рунка» или «из семьи Рунка». Суффикс -ов — самый распространённый способ образования русских фамилий, так что немецкое ядро быстро и естественно встроилось в русскую словообразовательную модель.

Сама фамилия Рункова — редкая и для русского уха звучит необычно. Такое сочетание немецкого корня с русским суффиксом часто встречается у потомков обрусевших немцев, которые приезжали в Россию по приглашению государства начиная с XVIII века — ремесленники, купцы, военные специалисты. Но не исключено и другое: фамилию могли принести и гораздо раньше, вместе с пленными, купцами или наёмниками, осевшими на русских землях.