Фамилия Рунковский образована от прозвища Рунк, которое восходит к немецкому слову Runke - «большая глыба». Такое прозвище давали крупному, неуклюжему человеку, который двигался тяжело и шумно. По другой версии, прозвище Рунк происходит от слова Rūna — «руна», «тайна», «криптограмма». Руны — это письменность древних германцев, употреблявшаяся с I—II по XII века н. в Дании, Швеции и Норвегии, X—XIII века в Исландии и Гренландии, а в провинции Даларна в Швеции вплоть до XIX века. После принятия христианства в странах Северной Европы руны были вытеснены латиницей, а с XX века широко используется как знаки для гадания (древние германцы приписывали рунам мистические свойства). Характерный суффикс -ский указывает на то, что фамилия Рунковский возникла под украинским, белорусским или польским влиянием. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Рунковских можно лишь на основании генеалогических исследований.