Фамилия Руньковская звучит так, будто её носитель родом из места с названием Руньково или Руньков. Это типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, распространённой в среде польской шляхты и западнорусского дворянства: суффикс -ск- указывал на принадлежность к поместью или селению. В русском языке такие фамилии часто получали выходцы из духовенства или дворяне, но позже их могли носить и крестьяне, переселившиеся из одной деревни в другую.

Основа фамилии — Руньк(о)-. Скорее всего, это производное от прозвища или имени Рунька. В славянских говорах «рунь» или «рунка» — озимь, молодые всходы хлеба. Человека могли прозвать Рунькой за светлые, «соломенные» волосы, напоминающие цвет молодой ржи, или за то, что он родился в пору появления всходов. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «рунь» — это шерсть, руно. Тогда прозвище могло относиться к овцеводу или к человеку с густой, косматой шевелюрой. Оба варианта правдоподобны, но первый (связь с хлебом и цветом) встречается в фамилиях чаще.

Суффикс -к- в основе Руньк- — уменьшительно-ласкательный, как в именах Ванька, Митька. Значит, фамилия пошла от человека, которого в быту звали Рунька, а уже его потомки стали Руньковскими — то есть «выходцами из семьи Руньки» или «владельцами Рунькова». Если бы фамилия была просто Руньков, она указывала бы на прямого потомка («чей?» — Руньков сын). Форма на -ский добавляет оттенок территориальной или сословной принадлежности: в XIX веке так могли записать крестьянина, переехавшего в город из деревни Руньково, или священника, получившего фамилию по названию прихода.

Точных сведений о селе Руньково в современных атласах мало, но топонимы с корнем рун- встречаются в Беларуси, на Смоленщине и в Псковской области — на землях, где веками смешивались русский, польский и белорусский языки. Это косвенно подтверждает западнорусское происхождение фамилии. Носители Руньковских, скорее всего, были либо крестьянами из-под Витебска или Могилёва, либо обедневшей шляхтой, чьё родовое гнездо затерялось в веках. Сословие без дополнительных документов не установить: фамилия встречается и в дворянских родословных книгах, и в ревизских сказках среди государственных крестьян.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду однокоренных: Рунько, Рунков, Рунькевич. Но Руньковская отличается именно суффиксом -ск-, который делает её более «книжной» и формальной. В дореволюционных документах написание могло колебаться: Руньковский, Руньковская, реже — Рунковская, с одной «н». Двойное «н» в современном варианте — результат орфографической нормы, а не исконная особенность.