Фамилия Руньков образована от прозвища или нецерковного имени Рунька, а основа здесь — слово «рунь». В русских говорах у него несколько значений, и все они указывают на образ жизни или занятие предка. Самое распространённое: рунью называли мелкую рыбу, которая идёт на нерест, или сам процесс нереста. Отсюда прозвище Рунька мог получить рыбак или человек, промышлявший ловлей в определённый сезон. В других диалектах «рунь» — это отава, молодая трава после покоса, или же всходы на поле. Тогда Рунька — крестьянин, который первым выгонял скот на пастбище, либо земледелец, чьи поля славились ранними всходами.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель: сын Руньки, то есть потомок человека с таким прозвищем. Форма Руньков закрепилась в северных и центральных губерниях, где фамилии на -ов были основными. Встречается и однокоренная фамилия Рунов — она могла возникнуть параллельно, от той же основы, но без уменьшительного суффикса -к-.

Слово «рунь» имеет и переносное значение — так в некоторых областях называли невысокого, шустрого человека или того, кто постоянно суетится. Не исключено, что прозвище прилипло к бойкому, подвижному крестьянину. В любом случае, фамилия не книжная и не дворянская — она выросла из живой народной речи, из быта и промыслов. В документах Руньковы фиксируются с XVII века, например, в переписных книгах Вятки и Пермской губернии, что подтверждает севернорусские корни.