Фамилия Рункялу — редкий случай, когда географическое происхождение практически не вызывает споров, но при этом само слово остаётся загадкой для носителя русского языка. Это не русская, а прибалтийско-финская фамилия, и её разумнее всего рассматривать в контексте эстонской или, с меньшей вероятностью, финской ономастики.

Основа фамилии — топоним. Наиболее вероятный источник — эстонский хутор или деревня Runkalu, название которой, в свою очередь, могло произойти от личного имени или прозвища. В эстонском языке слово «runk» (родительный падеж — runka) имеет несколько значений: «колода», «чурбан», «обрубок дерева», а также в переносном смысле — «неповоротливый человек», «увалень». Суффикс «-alu» в эстонской топонимике нередко указывает на принадлежность к местности (ср. с финским «-la» — место, жилище). Таким образом, Рункялу могло означать «место, где живёт Рунк» или «хутор на вырубке/пне». Фамилия оформлена по эстонскому образцу: она не имеет русских патронимических суффиксов (-ов, -ин) и не склоняется.

В русском языке фамилия появилась, скорее всего, в результате переселения эстонских крестьян на территории Российской империи (например, в Петербургскую губернию или в Сибирь после Столыпинской реформы) либо в советское время. Носители фамилии Рункялу — это, как правило, потомки выходцев из Эстонии, сохранившие фамилию в исходной, нерусифицированной форме. Встречаемость фамилии в России крайне низкая, и её география привязана к местам компактного проживания эстонцев — Ленинградской области, Псковской области, а также к некоторым регионам Сибири (например, Красноярский край). В самой Эстонии фамилия тоже редкая, но встречается чаще.

С точки зрения социального контекста, фамилия не указывает на дворянское происхождение. В Эстонии фамилии в современном виде закреплялись за крестьянами в основном в XIX веке, после реформ. Рункялу — типичная хуторская фамилия, образованная от названия места жительства или от прозвища основателя рода. Споров о происхождении практически нет: альтернативная версия о связи с финским словом «runko» (ствол, корпус) меняет лишь оттенок значения, но не суть — основа всё та же, «деревянная» или «коряжистая».