Фамилия Рунушкин — редкий пример, где основа, на первый взгляд, звучит знакомо, но при ближайшем рассмотрении не даёт однозначного толкования. Главная трудность в том, что корень «рун-» в русских говорах не образует очевидного прозвища или профессии, в отличие, скажем, от Кузнецовых или Портновых.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Рунушкин — значит «сын Рунушки» или «человек из семьи Рунушки». Основа — имя или прозвище Рунушка. Уменьшительно-ласкательный суффикс -ушк- в данном случае не столько уменьшает, сколько указывает на некалендарное, домашнее имя.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «рун» или «руна». В северных и сибирских говорах «руной» называли овцу, а «рун» — шерсть с овцы. В этом случае Рунушка — ласковое прозвище человека, который либо пас овец, либо стриг их, либо славился мягким, «овечьим» характером. Версия рабочая, но не единственная.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит финно-угорское влияние: слово «руна» (песня, стих) из карельского и финского эпоса. Тогда Рунушкой могли прозвать сказителя или певца, но для центральной России это скорее исключение. Фамилия почти не встречается в общероссийских справочниках, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, где-то на севере или северо-востоке, где овцеводство было распространено, а диалекты сохраняли архаичную лексику.

Интересно, что фамилия Рунушкин не имеет однокоренных «громких» аналогов вроде Рунников или Рунов. Это делает её «одиночкой» в ономастическом поле. Её носители, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников, связанных с обработкой шерсти, а сама фамилия закрепилась в одном-двух уездах и не разошлась широко.